组织建立体系，是为了有效地开展职业健康安全管理工作，而实现有效的职业健康安全管理，需要通过一定的并赋予相应的权限的组织机构来实现。建立体系，应针对组织各职能和层次的人员，明确作用，赋予职责和权限。
(1) 明确组织机构和职责的主要内容
任何一个组织为实现其方针、目标要求所设立的组织机构应包含合理分工、加强协作、明确定位、赋予权限几点内容。
① 合理分工
为某种需要而建立的管理体系，如按GB/T19001建立的质量管理体系，按GB/T24001建立的环境管理体系，以及按GB/T28001建立的职业健康安全管理体系，其中包含有若干相互关联的体系要素，这些体系要素都要借助于一定的职能部门，合理的分工，才能有效地实施这些体系要素的基本要求，才能使这些体系要素构成一个能自我约束、自我调节、自我完善的运行机制，才能形成一个完整的管理体系。因此，依据体系要素的基本要求，合理分工是明确组织机构和职责的第一个基本内容。
② 加强协作
GB/T28001中所规定的体系要素不是孤立的，是相互联系、相互制约、相辅相成的关系。任何体系要素都包含有预防、控制及监督等多种功能。体系要素的实施需要由多个相关部门互相配合，既有实施部门，又有监督部门；既有体系要素的主管部门，又有配合实施的相关部门。总之，在合理分工的基础上，又要加强协作，这是明确组织机构和职责的第二个基本内容。
③ 明确定位
按GB/T28001要素的要求，确定了主管部门和相关部门，分别赋予以不同的管理功能，进一步就是明确定位，将岗位职责落实到人，做到人人讲安全，事事要安全，处处保安全，尽职尽责，这是明确组织机构和职责和第三个基本内容。
④ 赋予权限
依据GB/T28001中体系要素的要求，实施了合理分工，加强协作，确定岗位职责，按管理工作的需要，尚需针对不同部门，不同岗位的分工，赋予相应的职责和权限，以便于监督检查，便于职工业绩的考核，便于调动全体员工的敬业精神，这也是明确组织机构和职责的第四个基本内容。
(2) 明确组织机构和职责的基本要求
① 调整和明确组织原有管理机构和职责以满足GB/T28001的要求
体系是组织全面管理体系的一部分。在建立体系过程中，组织的原有管理机构可作为实施体系的组织保证。按照GB/T28001的要求，调整组织各职能部门的管理功能，使其相互协调，切实做到有一个合理分工、加强协作、明确定位，赋予相应职责权限的管理机构。
② 设置体系运行的管理部门
为使体系有效实施，应结合组织的类型、规模和特点，设置体系运行的管理部门，其主要职责是负责体系的建立、运行、协调及监督管理，不断地发现体系运行中的问题，及时调整、改进。
③ 明确组织各个岗位人员的职责
为便于有效的职业健康安全管理，组织内各个岗位人员的作用、职责和权限都应被界定。组织的最高管理者应承担组织在职业健康安全方面的最终责任。组织还要在最高管理层任命一名成员承担确保体系正确实施和运行的特定职责。
④ 落实和完善开展职业健康安全管理的组织结构关系
落实和完善开展职业健康安全管理的组织结构关系包括：
a.明确各职能部门的职业健康安全管理功能所涉及到的体系要素；
b.明确体系中各体系要素的主管部门及相关部门；
c.指明各职能部门在实施相关体系要素中的主要职责和权限；
d.在体系的体系要素职责分配中应包含有监督机制。除在体系要素实施过程中，加强自检、自查之外，还应健全体系运行中的监督机制，并提供组织保证。